Genetikere debatterer et første menneskelig par - Fortsatt;
David Klinghoffer; 2. november 2017
Oversat herfra.
Bilde 1. Et menneskepar; kreditt: Hans, via Pixabay.
Ekte vitenskapelig debatt om grunnleggende problemstillinger som ekte mennesker bryr seg om, er så sjelden, at når det skjer, vil du nesten klype deg selv i armen for å sørge for at du ikke drømmer. En biolog og teistisk evolusjonist, Dennis Venema, skrev en bok, Adam og Genomet , og fortalte andre kristne hvordan de blant annet måtte gi opp tro på et originalt menneskepar. Dette, får vi beskjed om, skyldes de ubestridelige konklusjonene av populasjonsgenetiske studier.
Men en fremtredende genetiker, Richard Buggs fra Queen Mary University i London, grep inn i spørsmålet -her; i et blogginnlegg for Nature Ecology & Evolution , en del av gruppen av tidsskrifter som inkluderer Nature. Ingen konferanse-møtested kan være mer vanlig. Oxford University-trente Buggs informerte Dr. Venema fra Trinity Western University (nær Vancouver) at han hadde sagt mer enn den aktuelle vitenskapen selv sier.
Bilde 2. Et første menneskelig par
Buggs hadde lyttet nøye til bekymringene fra noen venner:
Spørsmålet fra mine religiøse venner er forskjellig fra de spørsmålene som blir spurt i studiene som er omtalt ovenfor. Mine religiøse venner spør meg ikke om det er sannsynlig at mennesker noen gang har gått gjennom en flaskehals på to. De spør meg om det er mulig. Ingen av studiene ovenfor satte seg fore eksplisitt å teste hypotesen om at mennesker kunne ha passert gjennom en flaskehalsen til ett enkelt par. Dette er hva vi trenger for å nagle fast dette problemet.
Buggs ba deretter om svar fra medforskere:
Hvis jeg går glipp av noe, så vil jeg gjerne vite det. Selv om dette problemet kan virke trivielt for mange lesere, er dette et kritisk problem for mange religiøse troende i verden. Ser de virkelig et binært valg mellom å akseptere den vanlige vitenskapen og å tro at mennesker på et tidspunkt i sin historie alle stammer fra et par? Jeg er åpen for muligheten for at de står overfor dette dilemmaet, men jeg trenger mer bevis før jeg overtales.
Og gjett hva, han fikk noen faste svar fra viktige mennesker, ikke bare piping fra darwinistenes hverdags-galleri. Buggs på sine blogg styrte lesere til en diskusjon i The Skeptical Zone , og vi fulgte ham hvor han ledet. En forfatter der hadde anerkjent Buggs for å gjøre hans "lekser" og spurte biologer hva de trodde. Jeg bemerket et svar -her .. fra University of Washington genetiker Joseph Felsenstein.
Nå på samme stedet samhandler Buggs med beregningsbiologen Stephen Schaffner -her; fra Broad Institute, pluss Felsenstein og biolog John Harshman, den sistnevnte som, i motsetning til Venema, mener han gjør den "sterkeste saken for en flaskehals på to":
"Takk for at du har interaksjon med bloggen Nature Ecology and Evolution Community, og takk til Vincent Torley for innlegging her. Vincent sendte meg en personlig epost som pekte ut denne tråden til meg og ba meg spesifikt samhandle med kommentarer fra Steve Schaffner og Joe Felsenstein. Jeg vil også kommentere John Harshmans kommentarer da han gjør den sterkeste saken mot en flaskehals på to, som ikke ble nevnt eksplisitt av Dennis Venema i bokkapitlet.
Først bemerker jeg at både Schaffner og Felsenstein er enige om at flaskehalshypotesen ikke har blitt testet direkte.
Schaffner: "Buggs er riktig at eksisterende tester ikke har blitt testet strengt mot et gammelt Adam og Eva-scenario. På den annen side har ingen vist at et slikt scenario ville være umulig å oppdage av disse testene heller; det er bare ikke et scenario de fleste genetikere er interessert i. "
Felsenstein: "Det meste av arbeidet med å analysere disse dataene har vært å utlede tidligere historie med befolkningsstørrelse, i stedet for å uttale seg om A & E [Adam & Eva]."
Felsenstein går videre enn dette og antyder at det aldri kan bli helt motbevist: "Hvis man stiller problemet om vi helt sikkert kan utelukke A & E, spør det om mer enn vitenskapen kan levere. Men hvis vi spør om det gjøres svært usannsynlig, er det ikke så vanskelig å fastslå."
Bilde 3. Eks. på 'Hobson-valg'
For det andre bemerker jeg at ingen av dem forsvarer PSMC-argumentet, og Felsenstein innebærer at det ikke nødvendigvis er pålitelig og nye metoder må utvikles
Felsenstein: "Det er sammenløpende metoder som bruker mer informasjon enn PSMC, som bare bruker 2 haploide genom om gangen. Disse metodene trenger mer utvikling, men når de får det, blir det mer fokuserte analyser. "
For det tredje bemerker jeg at ingen hittil har utfordret mine uttalelser om Tenesa et al. sin artikkel, basert på manglende koblings-balanse (jeg ønsker velkommen flere kommentarer om denne artikkelen).
For det fjerde må jeg svare på Schaffners kommentar: "Argumentet om total heterozygositet er et villspor. En stram men kortvarig flaskehals har en relativt beskjeden effekt på heterozygositet, men en dramatisk effekt på fordelingen av allelfrekvenser. En flaskehals av to personer eliminerer alle frekvenser med mindre enn 25% frekvens, som er der det store flertallet av varianter er."
Jeg tror ikke det er et villspor, da (1) det er verdt å påpeke for ikke-spesialister at resultatene av en kort flaskehals er langt mindre ødeleggende enn en langvarig, hvor innavl til slutt vil eliminere all alelle-variasjon; (2) i løpet av en flaskehals på to, må mest variabilitet bæres av heterozygositet i de to individene, så dette er viktig; (3) fordi det er fire DNA-baser, kan to individer potensielt bære alle mulige alleler på et hvilket som helst SNP-lokus. Som svar på hans siste setning ovenfor bemerker jeg at det er høyfrekvente alleler i den menneskelige befolkningen som mest krever forklaring når det gjelder forfedrevariasjon, og de allelene med mindre enn 25% frekvens er også de som lettest forklares av nylige mutasjoner.
Bilde 4. Alternativer Allele par-sammensetning
For det femte er jeg veldig glad for å høre at Steve Schaffner har gjort noen simuleringer. Dette er akkurat det jeg tror må gjøres for å spikre ned dette problemet.
Schaffner: "Jeg tviler på at noen noen gang har gjort en formell test, men å ha lekt rundt med simuleringer tror jeg at et absolutt minimum på flere hundre tusen år ville være nødvendig for å generere noe i likhet med det observert frekvensspekteret for mennesker; en halv million år er en mer plausibel nedre grense ... Det er ikke klart hvor mange kreasjonister som er interessert i en halv million år gammel Adam uansett."
Jeg håper veldig mye på at Schaffner vil skrive disse opp for publisering. Jeg er enig med sin endelige kommentar, men en kreasjonist (i konvensjonell forstand) vil ikke være bekymret for hele dette emnet, da det antar felles stamfar, og kreasjonismen kan ha genetisk mangfold frontlastet inn i Eva's egg, og dermed unngå hele saken med genetisk mangfold. Jeg mistenker at mange kristne, jøder og muslimer ville være interessert i ideen om en halv million år gammel forfedre flaskehals på to.
For det sjette, for å komme til John Harshmans kommentarer: John gjør et argument fra stort allele mangfold av HLA (human MHC) alleler og signaturer av ufullstendig linjesortering blant disse. Dette er det sterkeste argumentet som blir gjort i denne tråden mot en forfedre flaskehals. Schaffner og Felsenstein har kommentert dette:
Schaffner (om HLA): Buggs antyder at noen av allelene delt mellom arter kan representere homoplasier, antagelig som følge av lignende selektive trykk. Hvor sannsynlig det er, avhenger av hvor komplekse allelene er.
Felsenstein: "Bare å si at mutasjonshastighetene er høye og slik at mønsteret kan oppstå, er utilstrekkelig. Man trenger en mer kvantitativ analyse med estimerte mutasjonsrater. HLA er et vanskelig tilfelle for A&E - det ville være enda bedre å finne flere polymorfier som involverer multiple haplotyper og sette all den informasjonen sammen. "
Bilde 5. Ulike begreper -forklaring
Jeg er enig med begge disse punktene. Mer arbeid er nødvendig for å vise i detalj hvorvidt MHC-mangfold gjør en flaskehals umulig. Det store overordnede punktet mitt her er at vi må se på genoom-brede mønstre av polymorfisme for å få et pålitelig bilde av tidligere effektive befolkningsstørrelser. MHC loci er ganske eksotiske. Flere studier viser at de utvikler seg raskt og kan være under seksuell seleksjon, sykdoms-mediert utvalg og frekvensavhengig utvalg; De kan også ha heterozygote fordeler (se f.eks. [Lenke]). Vedlikehold av MHC-polymorfisme er fortsatt "et evolusjonært puslespill" ([Lenke] ). Det er noe bevis for konvergent utvikling av HLA gener ([Lenke], [Lenke]). Hvis hele saken for store menneskelige forfedre-befolkningsstørrelser hviler på MHC loci, tror jeg at dette er utilstrekkelig til å bevise poenget, gitt vår nåværende kunnskap om MHC evolusjon. Som Felsenstein sier "- det ville være enda bedre å finne flere polymorfier som involverer flere haplotyper og sette all den informasjonen sammen."
Disse forskerne kan snakke for seg selv. Men samtalen så langt ser ut til å gi bevis for at Venema tok feil om en ting: De religiøse troende møter for øyeblikket, som Buggs setter det, et "binært valg mellom å akseptere hovedstrøms vitenskap og å tro at mennesker på et tidspunkt i sin historie alle har kommet fra et enkelt par. "Tvert imot snakker hovedstrøms vitenskap om emnet med flere stemmer.
Spørsmålet om et første par har ikke blitt "spikret ned", og teistiske evolusjonister feiler i å antyde at det har vært. Hva sier Dennis Venema til alt dette? ...
Bilde 6. Behøves: egnet modell for populasjonsgenetikk
Venema har nå svart på Buggs, etter å ha lovet å gjøre det i samme tråd på The Skeptical Zone. En Del 1 er oppe, og han planlegger en Del 2. Han mottok opprinnelig Buggs utfordring i en epost datert 10. mai, men forklarer: "Jeg ligger vanligvis bakpå i e-postboksen i mine beste stunder, og et svar til Dr . Buggs kunne tydeligvis ikke være et notat som jeg kunne gjøre unna i løpetav et par minutter. "Han opprettholder sammenligningen med geocentrism:
Jeg er enig med Buggs at vitenskapen ikke har "motbevist" at mennesker kunne ha kommet fra bare to unike personer (og jeg er også klar over at denne siste setningen er spesielt moden for selektiv sitering). I samme åndedrett tror jeg heller ikke at vitenskapen har "motbevist" geosentrisme - ideen om at jorden er det immobile senterav universet.
Merkelig nok, svaret er datert 10. november, og vises for øyeblikket ikke på forsiden av bloggen "Letters to the Duchess". Må være en feil.
Oversettelse og bilder ved Asbjørn E. Lund